El 14 de febrero de 1991, el Ayuntamiento de la Ciudad Autónoma de Ceuta acordó por unanimidad conceder la Medalla de la Ciudad en su categoría de Plata a la Comandancia de la Guardia Civil de Ceuta.
Años más tarde, en septiembre de 2008, la Asamblea de la Ciudad Autónoma de Ceuta, en sesión plenaria, acordó por unanimidad concederle la Medalla de la Ciudad en su categoría de Oro en reconocimiento a los servicios, acciones y méritos realizados por la Comandancia.
Años antes, el 20 de octubre de 1975, el Ayuntamiento de la Ciudad de Ceuta, en virtud de los méritos y circunstancias, ya había acordado por unanimidad concederle la Medalla de la Ciudad en su categoría de Plata al Grupo de Investigación Fiscal y Antidrogas y al Servicio Cinológico de dicha Comandancia.
La presencia de la Guardia Civil en Ceuta se remonta a julio de 1898, cuando se dictaba una Real Orden Circular de la Sección de Estado Mayor y Campaña del Ministerio de la Guerra, en cuyo apartado 4º, se disponía la creación de una sección de Infantería de la Guardia Civil para prestar el servicio peculiar del Instituto en la Ciudad de Ceuta, quedando formada por un sargento, dos cabos, dos guardias primero y 30 guardias segundos.
La intrínseca relación entre la Guardia Civil y la población ceutí ha forjado un fuerte vínculo de unión y reciprocidad entre ambas partes, máxime en los aspectos colaborativos directos que, por dependencia, mantienen una constante interrelación, especialmente en materias concernientes a la Consejería de Medio Ambiente y Sostenibilidad, con colaboración directa con el Servicio Cinológico de esta Comandancia, así como las Consejerías de Deporte y Turismo, y la de Sanidad, Servicios Sociales, Menores e Igualdad.
La Comandancia de Ceuta cuenta además con Unidades de investigación (Policía Judicial e Información), Servicio de Protección de la Naturaleza (SEPRONA), Armas y Explosivos, Destacamento Marítimo Provincial y Unidades de Apoyo (Grupo Cinológico, Grupos Especiales de Actividades Subacuáticas (GEAS) y un Núcleo de Destinos).
