El 16 de marzo de 2000 se crea la Jefatura del Servicio de Protección de la Naturaleza a raíz de la reorganización de la especialidad, materializada mediante Orden General nº 4, de fecha 16 de marzo de 2000, lo que supuso que el Mando del SEPRONA pasara a ser ejercido por un General de la Guardia Civil en servicio activo.
Desde la época de la fundación de la Guardia Civil se contemplaban cometidos de policía rural (vigilancia de la caza, pesca y los montes), tal como se recoge en la Cartilla del Guardia Civil de 1845. Sin embargo, la escasa plantilla de los primeros años y las prioridades de reducir la criminalidad, especialmente en las vías de comunicación y poblaciones, motivó la conveniencia de establecer una fuerza específica y exclusiva para tales cometidos propios de zonas despobladas.
En 1988, mediante Orden General número 72, de 21 de junio, se creó la Especialidad del SEPRONA al objeto de desarrollar la función material especifica asignada al Cuerpo en la Ley Orgánica 2/86, de Fuerzas y Cuerpos de Seguridad, de “velar por el cumplimiento de las disposiciones que tiendan a la conservación de la naturaleza y medio ambiente, de los recursos hidráulicos, así como de la riqueza cinegética, piscícola forestal y de cualquier otra índole relacionada con la naturaleza”.
Tras la última modificación realizada por la Orden PCM/509/2020, de 3 de junio, por la que se regulan las especialidades en la Guardia Civil, la especialidad ha pasado a denominarse “Protección de la Naturaleza”. Recientemente, y como colofón a la apuesta del Cuerpo por incluir la investigación criminal y la cooperación internacional como aspectos indisolubles a la protección del medioambiente, la Orden PCM/59/2022, de 2 de febrero, creó en el marco del SEPRONA la Oficina Central Nacional de Análisis de Información sobre Actividades Ilícitas Medioambientales.
