El 12 de mayo de 1898, la escuadra del almirante Sampson bombardeó San Juan de Puerto Rico.
Tras la invasión estadounidense de la isla, en las operaciones terrestres desarrolladas entre el 25 de julio y el 12 de agosto, la Guardia Civil tomó parte en las acciones de Yauco, Guayama, Guamaní, Fajardo, Coamo, Asomonte y Guasio.
Firmado el armisticio que puso fin a la Guerra Hispano-Estadounidense, Puerto Rico pasó a manos de EE.UU. el 20 de octubre y las últimas fuerzas de Guardia Civil fueron repatriadas.
Terminaron así 30 años de presencia de la Institución en la Pequeña Antilla, que había sido creada por R. O. de 13 de junio de 1869.
