El 29 de septiembre de 2014, mediante Instrucción Técnica de la Jefatura de Policía Judicial 20/2014 “Estructura de respuesta y procedimiento de actuación en materia de Agentes Encubiertos”, y con el visto bueno del Mando de Operaciones, se creó una estructura funcional en el seno de la Unidad Central Operativa (UCO) denominada Unidad de Agentes Encubiertos (UAE).
Tras años de utilización de esta relevante figura procesal por parte de la Guardia Civil, se constituyó la UAE con las funciones de supervisar o asesorar a las Unidades de Policía Judicial y controlar a los agentes encubiertos ajenos y realizar cometidos vinculados con el adiestramiento, formación y empleo de los agentes encubiertos propios, así como asistir a policías extranjeras en el empleo de sus agentes encubiertos en España.
En la actualidad, el Grupo de Agentes Encubiertos depende directamente del Jefe de la UCO.
