El 8 de abril de 1940, se crea, tras la integración del Cuerpo de Carabineros en el de la Guardia Civil, el Estado Mayor de la Guardia Civil
Mediante una orden firmada por el ministerio del Ejército en la que se reorganizaba la Dirección General del Cuerpo (una vez integrados en uno solo el Cuerpo la Guardia Civil y el de Carabineros), se creó el Estado Mayor de la Guardia Civil. Su primer Jefe fue el Coronel de Infantería Diplomado de Estado Mayor (DEM), Antonio Torres Bestard, que fue asistido por el Teniente Coronel de Infantería DEM José Herreros y Queipo de Llano.
Aunque inicialmente tuvo tres secciones (1ª. Organización, Instrucción y Justicia; 2ª. Información y Cartografía; y 3ª. Operaciones y Servicios) su capacidad operativa al completo se produjo tras la publicación de la Orden General núm. 11, de 1 de febrero de 1941, en la que se estructuró definitivamente en dos secciones (1ª. Organización e Instrucción, y 2ª. Prestación de Servicios)
Con el paso del tiempo, su organización se fue modificando hasta crearse en 1953 la tradicional estructura de cuatro secciones (Personal, Información, Operaciones y Logística) en las que estuvo organizado hasta su supresión en 1991. En 1997 se volvería a crear el Estado Mayor, pero está vez subordinado al ámbito operativo y encuadrado por oficiales de la Guardia Civil Diplomados de Estado Mayor.
En la actualidad, según se recoge en el Real Decreto 734/2020, de 4 de agosto, por el que se desarrolla la estructura orgánica básica del Ministerio del Interior, el Estado Mayor a cargo de un oficial general de la Guardia Civil en situación de servicio activo, es el principal órgano auxiliar de la Dirección Adjunta Operativa, del Mando de Operaciones y del Mando de Fronteras y Policía Marítima, en todo lo concerniente al ejercicio de las funciones de cada Mando. Además, el Estado Mayor es responsable de proporcionar los elementos de juicio necesarios para fundamentar sus decisiones, traducirlas en órdenes y velar por su cumplimiento.
