A las cuatro y media de la madrugada del 1 de mayo, se inició el fuego de artillería sobre la posición.
Hacia las seis comenzaron a movilizarse los tanques. El plan, expuesto por el teniente coronel Cordón, consistía, según sus palabras, en "un ataque frontal realizado por la casi totalidad de las fuerzas y medios con que podamos contar, y un ataque auxiliar demostrativo para fijar alguna fuerza a los sitiados". De este modo, parte de los efectivos se destinaron a atacar las secciones I, III y V con el fin de fijar los combatientes que había en ellas, mientras que los tanques avanzaron hasta la explanada donde se iniciaba la calzada para batir por la retaguardia la sección II y IV. La noticia de la caída de la sección IV tras un duro enfrentamiento llegó al capitán Cortés mientras, fusil en mano, defendía los muros del destruido Santuario. Él como nadie sabía que la pérdida de esta posición era la antesala de la caída de todo el campamento, por lo que a partir de conocer esta noticia, adoptó una actitud desafiante ante el peligro, exponiéndose sobremanera al fuego enemigo. Parecía con su comportamiento que había decidido morir entre aquellos riscos. Y así prácticamente sucedió. En las primeras horas de la tarde, fue alcanzado por la metralla de una granada de artillería que lo herirá gravemente en el vientre. No satisfecho con ello, pedirá agua insistentemente a sus acompañantes para acelerar su muerte mientras las tropas republicanas tomaban las posiciones del recinto.
Una vez concentrados en la lonja del Santuario los combatientes, se procedió a la evacuación de todo el personal: las mujeres y los niños se mandaron concentrar en la explanada al pie del cerro, mientras que los combatientes fueron conducidos a la casa de peones camineros. Mientras que esperaban la evacuación, el alférez Carbonell contó los hombres ilesos: 42 combatientes. A lo largo de la carretera se fueron situando las camillas de los heridos, para ser examinados por los médicos que establecían el orden de evacuación según su gravedad. En la primera ambulancia que se improvisó, se trasladó al capitán Cortés, dos milicianos y la hija del brigada Jiménez que llegó cadáver al hospital de sangre establecido en las Viñas de Peñallana. La ambulancia llegó a su destino hacia las 8 de la tarde, siendo interrogado el capitán y sometido durante la noche a una operación quirúrgica por el doctor Santos Laguna.
Al día siguiente, 2 de mayo, poco después del mediodía, moría el capitán como consecuencia de sus heridas. El resto de combatientes fueron conducidos al antiguo cuartel de la Guardia Civil en Andújar, hoy casa de la cultura, primero, para trasladarlos al día siguiente hasta el presidio de San Miguel de los Reyes en Valencia, donde permanecieron buena parte de ellos hasta su liberación por las fuerzas del general Aranda el 29 de marzo del 39. La población civil, fue llevada hasta el Viso del Marqués en donde quedó alojada en un primer momento en el palacio del marqués de Santa Cruz y, pocos días después, entre las familias de esta población, recibiendo un trato amable por parte del vecindario.
