En 1926, en el contexto de las Campañas militares en el Rif, fue creada la Comandancia de la Guardia Civil de Melilla, pero en 1932, una vez pacificado el Protectorado, con la consiguiente reducción de tropas, se suprimió.
El 12 de octubre de 1941, el Ayuntamiento hizo entrega de un Guión a la Compañía de Melilla y el 14 de marzo de 1947 se volvió a crear la Comandancia de Melilla, pasando a ser aquél el Guión-Estandarte de la misma.
En cumplimiento de la Ley 33/1981, de 5 de octubre, del Escudo de España, y el Real Decreto 2964/1981, de 18 de diciembre, por el que se hace público el modelo oficial del Escudo de España, el Ministerio de Defensa ordenó la sustitución en las banderas que ondeaban en los cuarteles, del Escudo de España hasta entonces vigente, por el nuevo modelo constitucional.
El 6 de julio de 1982, delante del Palacio del Ayuntamiento de Melilla, se celebró un solemne acto en el que se entregaron las cinco banderas a los comandantes de puesto de las distintas unidades de la Comandancia de Melilla. El evento fue presidido por el comandante general de Melilla y contó con la presencia del delegado interino del Gobierno y la corporación municipal, junto a diversas autoridades civiles y militares, banda de música de la Comandancia General y 1.500 personas.
Por escrito de 10 de enero 2018, con motivo de la celebración de los 125 años de la presencia ininterrumpida de la Guardia Civil en Melilla, el Presidente de la Ciudad comunicó al Director General del Cuerpo la intención de entregar una enseña nacional a la Comandancia de la Guardia Civil. Lo que, hasta la fecha, por distintas vicisitudes, no ha podido producirse, estando la citada bandera depositada en el Palacio de la Asamblea, a la espera de celebrarse el acto de entrega, para que posteriormente sea colocada en el lugar de honor ya previsto para su ubicación.
Acto de entrega del estandarte a la Comandancia de la Guardia Civil. Melilla 1982
