El 8 de septiembre de 1987, con arreglo a lo dispuesto en la Orden General número 86 de la Dirección General de la Guardia Civil sobre Organización del Servicio de Policía Judicial, se define la estructura de la Inspección del Servicio de Policía Judicial, mencionando por primera vez a la Unidad Central Operativa (UCO).
Según la misma, se compondría por el Mando de la Unidad y su Plana Mayor, cuatro Departamentos (Delitos contra las personas; Delitos contra la propiedad; Delitos económicos y delincuencia internacional; e Investigación de incendios y grandes catástrofes) y una Sección de Apoyo.
En la actualidad, de conformidad con la Orden General número 27/2021 de 9 de septiembre, por la que se regulan las especialidades de la Policía Judicial y Criminalística de la Guardia Civil y la estructura, organización, funciones de la Jefatura de Policía Judicial, los más de 600 hombres y mujeres pertenecientes a la UCO tienen como función asumir y, en su caso, coordinar las investigaciones en el ámbito nacional e internacional que por su especial complejidad o trascendencia así lo determine el mando, y específicamente en los ámbitos del crimen organizado grave y la ciberdelincuencia. También son responsables de centralizar y gestionar el material técnico-operativo que por sus especiales características lo requieran y prestar, en su caso, los apoyos en este ámbito.
Dependiente de la Jefatura de Policía Judicial, la UCO, al mando de un Coronel del Cuerpo, se organiza en Áreas y Departamentos funcionales: Área de Coordinación y Planes; Departamento de Narcotráfico y Blanqueo; Departamento de Delincuencia Económica y Anticorrupción; Departamento de Personas y Patrimonio; Departamento de Cibercrimen; Departamento de Apoyo Tecnológico Operativo; Grupo de Fuentes y Relaciones Exteriores; Grupo de Agentes Encubiertos; y Grupo de Equipos contra el Crimen Organizado.
Ubicados en determinadas áreas geográficas que así lo requieran, pero dependientes de la UCO, los Equipos contra el Crimen Organizado (ECO,s) tienen el cometido específico de investigar la delincuencia organizada que actúe habitualmente en su ámbito territorial y que se caracterice por la gravedad y violencia de sus acciones, alto grado de organización y complejidad de las técnicas o procedimientos utilizados, así como prestar los apoyos especializados para los que haya sido capacitado.
