El 8 de abril de 1940, mediante una orden firmada por el Ministro del Ejército en la que se reorganizaba la Dirección General de la Guardia Civil, se creó el Estado Mayor del Cuerpo. Su primer Jefe fue el Coronel de Infantería Diplomado de Estado Mayor (DEM) Antonio Torres Bestard.
El Estado Mayor de la Guardia Civil es el principal órgano de asesoramiento y dirección al más alto nivel. Sus diferentes Secciones tradicionalmente han estado mandadas por Diplomados de Estado Mayor.
Aunque inicialmente estuvo estructurado en tres Secciones (1ª. Organización, Instrucción y Justicia; 2ª. Información y Cartografía, y 3ª. Operaciones y Servicios), su capacidad operativa al completo se alcanzó tras la publicación de la Orden General número 11, de 1 de febrero de 1941, en la que se organizó en dos (1ª Sección. Organización e Instrucción y 2ª Sección. Prestación de Servicios). Con el paso del tiempo, su estructura se fue modificando hasta crearse en 1953 el tradicional organigrama de los estados mayores de la época con cuatro Secciones (Personal; Información; Operaciones, y Logística), el cual estuvo vigente hasta que se disolvió como Estado Mayor en 1991, pasando a asumir sus competencias la Secretaría Técnica de la Subdirección General de Operaciones, la cual continuó funcionando de facto como el Estado Mayor pero circunscrito al ámbito de operaciones.
Apenas 6 años después, la Orden ministerial de 6 de junio de 1997 eliminó la Secretaría Técnica de Operaciones y restauró el Estado Mayor en la Guardia Civil como el principal órgano auxiliar y de asesoramiento de la Subdirección General de Operaciones en el desempeño de sus cometidos, habiendo estado constituido desde entonces por personal del Cuerpo. Durante estos 25 años, casi 400 guardias civiles de todos los empleos han formado parte de esta Unidad.
Entre ellos, se destaca al único fallecido en acto de servicio, el Teniente Coronel honorífico Gonzalo Pérez García, que estando destinado en el Estado Mayor falleció como consecuencia de un atentado terrorista en Iraq en el año 2004.
En la actualidad, según se recoge en el Real Decreto 734/2020 por el que se desarrolla la estructura orgánica básica del Ministerio del Interior, el Estado Mayor, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil, es el principal órgano auxiliar de la Dirección Adjunta Operativa, del Mando de Operaciones, y del Mando de Fronteras y Policía Marítima en todo lo concerniente al ejercicio de sus funciones.
Para cumplir con su misión, el Estado Mayor, organizado con una estructura y unos procedimientos de trabajo adaptados a las necesidades actuales, cuenta con una plantilla de más de 150 guardias civiles de todos los empleos, de los cuales, con carácter general, más de 40 son Oficiales Diplomados de Estado Mayor. Actualmente, está formado por diferentes Secciones: Asuntos Generales; Planes y Estudios; Operaciones; Personal y Organización; Logística; Evaluación Operativa y la Dirección del Proyecto SIGO.
